簡介
歷史沿革
設立緣起 2024.06.03
海洋環境與資源的永續經營需要透過以海洋生態系統為基礎的研究與預測，才能提供適當的使用方式與管理策略。
但是海洋生態系統卻是一個相當具有挑戰性的研究領域，因為其一方面受到因溫室效應所引發的全球氣候變遷所改變，另一方面更會因為區域性人為不當的開發、利用與管理，而導致近岸海洋環境的激烈變動。
例如因為在主要河川建築水壩造成近岸海洋生物生產力與漁業資源的枯竭，或是因為河川廢污水的直接排放所造成的藻華或是紅潮現象等等。
由此可見海洋環境生態系統對於全球變遷或是人為的作用其反應的敏感度，而此問題也正是現今人類所關心的焦點，亦是現今國際上共同合作並予深入研究探討的議題。
研究目標
有鑑於海洋生態系統對環境變遷作用的敏感度，本所將以瞭解及預測在全球環境變遷及區域性人為的作用下，海洋環境（如環流、光照、水溫）及化學成份（如營養鹽、有機物質、微量重金屬、環境賀爾蒙）的改變對海洋生物生產力以及生態系中之攝食食物鏈（如浮游植物→浮游動物→仔稚魚）或是微生物循環圈（如細菌→鞭毛蟲→纖毛蟲→浮游動物）中各食階現存量及能量傳遞的衝擊，以及對人類社會或是民眾食用健康的影響為研究目標。
設立宗旨
海洋環境與資源的永續經營需要透過以海洋生態系統為基礎的研究與預測，才能提供適當的使用方式與管理策略。
台灣已逐步邁向海洋國家，未來台灣的海洋如何得以永續經營與發展，如何得以與世界各國共同來瞭解及研究海洋系統與全球變遷的互動及其對人類社會的影響，都必須仰賴足夠具有海洋環境化學與生態研究背景之高等教育人才。
有鑑於國內在此方面相關人力的嚴重缺乏，本校於九十三年六月以設立卓越研究所的名義向教育部提出申請，於九十四年二月正式獲得教育部核准設立，並於九十五學年度開始招收碩士班學生。
本所設有鼓勵教師從事尖端學術研究的獎勵措施，更設有學生就讀及出國深造的獎學金辦法，以鼓勵學生於就讀期間積極參與教師從事研究工作，並特別鼓勵學生畢業後能繼續出國深造攻讀相關領域的博士學位，持續地為國家培養海洋科學的高等教育人才，為海洋台灣的永續發展貢獻心力。
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